税務調査には、任意調査と強制調査があります。

任意調査は質問検査権に基づく一般的な調査です。

強制調査は国税局の査察部門の調査官が内定を行い、納税者が脱税しているとの確証をつかんだ場合、裁判所の令状をとってから行う調査です。

税務調査の連絡は、通常、顧問税理士を通じてか、あるいは直接連絡があります。その後は税務署、会社、税理士の三方で日程を調整して調査日を決定します。調査を受ける前に気がかりな点がある場合は、調査日の前日までに顧問税理士に相談に乗ってもらうとよいでしょう。

まれに事前予告のない調査もあり、突然調査官が来社する場合がありますが、その際はまず身分証明書の提示を求め、調査官であることを確認します。その後、顧問税理士に連絡して立会いを依頼するとよいと思われます。事前予告のない調査は、通常現金取引の多い業種に行われることが多いようです。

調査の際の質問には、出来るだけ明確な回答を心がけるべきでしょう。説明が二転三転するなど、調査官に不信感を与えるような言動は避けなければなりません。検討事項が出てきた場合には、証拠資料を提示して、詳細な説明を行う必要があります。単純な事実関係や、会社内部の事項については、担当者から説明してもよいと思われますが、内容が複雑であったり、法律関係になるのであれば、顧問税理士から説明してもらう方がよいと思われます。

調査終了後は、検討事項について、税務上問題無しとされれば申告是認となり、特段作業は必要ありません。

ただし、調査の結果、問題があり、申告書を修正する必要があれば、税務署側が申告内容を修正する更正決定による手続きか、修正申告書を提出することになります。

通常は、修正申告書を提出するよう求められますが、修正申告書を提出する場合は、以後、この税務調査の内容について異議が申し立てられなくなることに注意する必要があります。つまり、修正申告書を提出するという意味は、自分で間違いを認めて、調査に納得し、申告内容を修正するという意味になります。

また、差額の税金について納付する必要があります。後日、過少申告加算税及び延滞税が課され、納付書が届きます。この際も速やかに納付する必要があります。

悪質であれば更に重加算税が課せられますが、これは脱税したということになります。重加算税が課せられた場合、最悪の場合には、新聞沙汰となったり、許認可の必要な事業の場合は、営業停止処分が下されることがあります。銀行からの融資も受けにくくなることがあります。明らかに脱税する意図があったのならどうしようもありませんが、そうでない場合は脱税の意図がなかったことを十分説明して、できるだけこのような事態は避けたいものです。