相続登記の際の登記費用や登録免許税などについては、不動産所得の計算上、必要経費に算入することができます。
根拠は、所得税基本通達37-5(固定資産税等の必要経費算入)です。以下、必要部分を掲載します。

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業務の用に供される資産に係る固定資産税、登録免許税(登録に要する費用を含み、その資産の取得価額に算入されるものを除く。)、不動産取得税、地価税、特別土地保有税、事業所税、自動車取得税は、当該業務に係る各種所得の金額の計算上必要経費に算入する。 (注) 1 上記の業務の用に供される資産には、相続、遺贈又は贈与により取得した資産を含むものとする。
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これは、従来、家事費として必要経費算入が認められておりませんでしたが、平成17年12月の最高裁判決を受けて、改正されております。 また、不動産の取得価額には算入しません。、所得税基本通達49-3(減価償却資産に係る登録免許税等)によると、必要経費とするものとされております。以下、全文を掲載します。

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減価償却資産に係る登録免許税(登録に要する費用を含む。)をその資産の取得価額に算入するかどうかについては、次による。
(1) 特許権、鉱業権のように登録により権利が発生する資産に係るものは、取得価額に算入する。
(2) 船舶、航空機、自動車のように業務の用に供するについて登録を要する資産に係るものは、取得価額に算入しないことができる。
(3) (1)及び(2)以外の資産に係るものは、取得価額に算入しない。
(注) 1 業務の用に供される資産に係る登録免許税等のうち、取得価額に算入しないものについては、37-5参照
2 業務の用に供されない固定資産に係る登録免許税等については、38-9及び60-2参照
3 上記の減価償却資産には、相続等により取得した減価償却資産を含むものとする。
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したがって、相続登記費用、登録免許税については、必要経費に算入し、取得価額とはなりません。